Genetische analyse identificeert potentiële biomarkers om AS te helpen diagnosticeren | 40 AS-patiënten genetisch gesequenced om nieuwe biomarkers te identificeren

Een analyse van genetische sequentiegegevens heeft potentiële nieuwe biomarkers geïdentificeerd voor het diagnosticeren van spondylitis ankylopoetica (AS).

In het bijzonder analyseerden wetenschappers mRNA’s, of de sjablonen die werden gebruikt om een ​​eiwit uit DNA te genereren, en ontdekten dat de niveaus van drie – Cxcr6, IL17RA en Lrrfip1 – geassocieerd waren met de ernst van de ziekte en dus een manier konden bieden om symptomen te voorspellen.

Andere mRNA’s werden op abnormale niveaus gevonden bij AS-patiënten en kunnen ook dienen als biomarkers, maar er zijn meer analyses nodig, merkten onderzoekers op.

„Onze bevindingen bieden een raamwerk voor het identificeren van de belangrijkste mRNA’s in volbloed van AS die bevorderlijk is voor de ontwikkeling van nieuwe diagnostische markers voor AS“, schreven de onderzoekers.

„Deze mRNA’s kunnen functioneren“ via betrokkenheid bij verschillende routes van AS, vooral in immuungerelateerde routes”, merkten ze op. „Verkenning van hun functie in AS-pathologie kan gunstig zijn voor de diagnose van AS.“

Aanbevolen literatuur

markers ziekteactiviteit spondylitis ankylopoetica |  Spondylitis ankylopoetica Nieuws |  GM-CSF-niveaus |  illustratie van bloedonderzoeken in lab

De studie, „Identificatie van diagnostische mRNA-biomarkers in volbloed voor spondylitis ankylopoetica met behulp van WGCNA en machine learning-functieselectie”, werd gepubliceerd in Grenzen in de immunologie.

Er kan momenteel geen enkele test worden gebruikt om AS te diagnosticeren, dat veel symptomen deelt met andere ziekten, wat het diagnostische proces compliceert en vaak vertraagt. Patiënten kunnen dus enkele jaren wachten nadat hun symptomen opduiken voordat ze de diagnose AS krijgen.

Humaan leukocytenantigeen B27 (HLA-B27) is de belangrijkste genetische risicofactor die bijdraagt ​​aan AS en wordt beschouwd als een biomarker van de ziekte.

HLA-B27 is echter niet specifiek voor AS en wordt ook gevonden bij andere ontstekingsziekten, evenals de twee ontstekingseiwitten C-reactief proteïne en matrix metalloproteinase 3.

„Om vroege diagnose te vergemakkelijken en AS-activiteit te beoordelen, is het van cruciaal belang om nieuwe biomarkers met een bevredigende gevoeligheid en specificiteit te vinden door de moleculaire mechanismen van AS te onderzoeken“, schreven de onderzoekers.

Om naar nieuwe biomarkers te zoeken, analyseerde het team genetische sequentiegegevens van 40 AS-patiënten, met een gemiddelde leeftijd van 41,2 jaar, en 40 gezonde volwassenen van dezelfde leeftijd, met behulp van een aantal analytische stappen.

Studie identificeert genen met verschillende activiteitsniveaus bij patiënten vs. gezonde controles

Het doel was om genen te identificeren die verschillende expressie- of activiteitsniveaus hadden in AS versus gezonde monsters. Om naar genexpressie te kijken, werden de niveaus van het mRNA van het gen gemeten. De genetische code in DNA wordt getranscribeerd in mRNA voordat een definitief eiwit wordt geproduceerd.

Veelbelovende mRNA’s werden in een reeks stappen versmald. Een eerste benadering omvatte het identificeren van drie groepen van 300-500 mRNA’s geassocieerd met AS.

Een van deze groepen bevatte mRNA’s die voornamelijk betrokken zijn bij de beweging van immuuncellen en ontstekingsreacties, „die actieve ontstekings- en immuunreacties in het bloed van AS-patiënten impliceerden“, schreven de onderzoekers. De andere groepen waren niet geassocieerd met trajecten waarvan bekend is dat ze worden beïnvloed bij AS, maar „de mogelijkheid van hun synergie met de immuunrespons kan niet worden uitgesloten en moet verder worden onderzocht.“

In een tweede benadering vergeleken de onderzoekers individuele mRNA’s die een andere expressie hadden in de AS-groep dan in de gezonde groep. Deze analyse leverde 1.116 mRNA’s op – waarvan 491 op hogere niveaus in AS en 625 op lagere niveaus.

Door de twee benaderingen te overlappen, werden 296 feature-mRNA’s voor AS geïdentificeerd, die vervolgens werden teruggebracht tot 63 hub-mRNA’s met behulp van een andere analytische techniek.

Hoewel alle 63 AS-biomarkers zouden kunnen zijn, „zit er nog steeds veel overtollige informatie in“, schreven de onderzoekers, waarbij ze opmerkten dat dit de haalbaarheid van het gebruik ervan in de klinische praktijk beperkt.

Aanbevolen literatuur

spondylitis ankylopoetica diagnose |  Column Banner voor Just Keep Swimming door Janneke Phung

Om die beperking aan te pakken, gebruikten de onderzoekers machine learning, een soort kunstmatige intelligentie, om te voorspellen welke de sterkste link met AS zouden hebben. Van de 13 mRNA’s die door hun algoritme werden geïdentificeerd, werd bevestigd dat acht verschillende niveaus in het bloed van AS-patiënten hadden in vergelijking met gezonde mensen: IL17RA, Sqstm1, Picalm, Eif4e, Srrt, Lrrfip1, Synj1 en Cxcr6.

Cxcr6, IL17RA en Lrrfip1 waren gecorreleerd met de ernst van de ziekte, zoals gemeten door de Bath Ankylosing Spondylitis Disease Activity Index. Specifiek waren hogere niveaus van Cxcr6 en IL17RA en lagere niveaus van Lrrfip1 voorspellend voor een grotere ziekteactiviteit.

Merk op dat IL17RA, een molecuul dat betrokken is bij het veroorzaken van ontstekingen, eerder is gekoppeld aan AS, net als Sqstm1, maar de andere geïdentificeerde mRNA’s zijn nieuw gekoppeld aan de ziekte.

„Maar dit betekent niet dat ze ongekwalificeerd zijn om als biomarkers te dienen“, schreven de onderzoekers. „Hun correlaties met AS moeten in de toekomst verder worden onderzocht.“

Kommentar verfassen

Deine E-Mail-Adresse wird nicht veröffentlicht. Erforderliche Felder sind mit * markiert