Genoom Spotlight: Zoetwater Angelfish (Pterophyllum scalare)

WToen de 17-jarige Indeever Madireddy’s lieveheersbeestje Calvin stierf, had hij hem zonder pardon door de wc kunnen spoelen, zoals zoveel dierbare overleden visgenoten waren geweest. In plaats daarvan sequeneerde hij het genoom van het dier. „Ik wilde het voor altijd bewaren“, vertelt hij nieuwe wetenschapper. „Ik besloot het genoom van de maanvis te sequensen in de hoop dat ik die informatie zou kunnen bijdragen aan de wetenschappelijke gemeenschap, terwijl ik ook een klein eerbetoon zou brengen aan mijn huisdier!“

Hoewel Madireddy een bedreven visser is, is hij een middelbare scholier in Californië en beschikte hij niet precies over de middelen die nodig zijn voor genoomonderzoek. Dus besteedde hij ongeveer een maand aan het onderzoeken van de methodologie, kocht vervolgens reagentia en betaalde de bescheiden ledenbijdrage om toegang te krijgen tot BioCurious, een gemeenschapslaboratorium met overvloedige apparatuur, waaronder, het belangrijkste voor Madireddy, een vriezer van -80 °C en een Oxford Nanopore MinION langgelezen sequencer. Het grootste deel van de sequencingkosten werd betaald door fondsen die werden opgehaald via een campagne op de wetenschappelijke crowdfundingsite Experiment.

Met de hulp van wetenschappers die hij ontmoette in Yuanyu Lin van BioCurious en de Universiteit van North Carolina, verzamelde Madireddy het bijna 735 Mb-genoom van de vis en maakte er notities van. De sequentie, gedetailleerd in een paper van 18 oktober in microPublicatie Biologie, is ongeveer 86,5 procent voltooid. De lezingen onthulden ook de aanwezigheid van Pseudomonas aeruginosaeen veel voorkomende opportunistische pathogeen in het water – wat zou kunnen verklaren hoe Calvin zijn ondergang ontmoette.

ondanks Pterophyllum scalare’s populariteit in de aquariumhandel, Madireddy’s assemblage is een primeur voor de soort. In het artikel suggereert hij dat de sequentie de vis in staat zou kunnen stellen een modelorganisme te worden, net als andere leden van de cichlidenfamilie.

Zie „Kunnen deze vissen rekenen?“

Runners-up:

Driekleurige merel (Agelaius driekleur)

Driekleurige merel (Agelaius driekleur)

Driekleurige merel (Agelaius driekleur)

Driekleurige merels verduisterden ooit de lucht van centraal Californië met enorme zwermen van tienduizenden. Inderdaad, de soort staat erom bekend de grootste kolonies van alle bestaande Noord-Amerikaanse landvogels te hebben. Maar het verlies van leefgebied in de 20e eeuw leidde tot een steile daling van 63 procent in de populaties van de zangvogels in slechts 40 jaar, waardoor de soort op de rode lijst van bedreigde diersoorten van de IUCN terechtkwam. Instandhoudingsinspanningen zouden kunnen worden versterkt door genetische karakteriseringen van de soort, dus een onderzoeksteam onder leiding van de Universiteit van Californië, Santa Cruz, biologen gebruikten een combinatie van PacBio HiFi long reads en Dovetail Omni-C chromatische capture om een ​​zeer aaneengesloten 1,15 Gb-assemblage te produceren, die naar schatting 97,2 procent voltooid is. „Dit genoom voegt een waardevolle bron toe voor belangrijk evolutionair en natuurbehoudonderzoek naar driekleurige merels en verwante soorten“, concluderen de onderzoekers in hun artikel van 13 september in Dagboek van erfelijkheid.

Paracyclopina nana

een kleine roeipootkreeft met eieren

Een ei-dragende Paracyclopina nana vrouw

de roeipoot Paracyclopina nana Het heeft geen algemene naam. Zijn aanspraak op roem, zij het beperkt, is dat het gemakkelijk te kweken en te kweken is in het laboratorium, waardoor vooraanstaande onderzoekers suggereren dat het een geweldig modelorganisme zou kunnen zijn, vooral voor ecotoxicologisch onderzoek. Maar onderzoekers van de Sungkyunkwan University in Zuid-Korea waren niet zozeer geïnteresseerd in verontreinigende stoffen als wel in klimaatverandering – ze wilden begrijpen hoe toenemende niveaus van opgeloste CO2 (en de verzuring van zeewater die daarmee gepaard gaat) hebben gevolgen voor soorten waarvan de verkalkte weefsels worden aangetast door veranderingen in pH. Ze waren specifiek geïnteresseerd in epigenetische veranderingen, maar voor dergelijk onderzoek is een genoomsequentie nodig. Dus het team verzamelde eerst het 186 Gb-genoom van het dier. De methylomische en transcriptomische analyses die volgden, onthulden dat: P. nana vertoont transgenerationele epigenetische plasticiteit in reactie op zure omstandigheden, en „geeft aan dat“ P. nana kan acclimatiseren aan multigenerationele blootstelling aan verhoogde CO2 door epigenetische plasticiteit in de afwezigheid van genetische diversiteit”, schrijven de auteurs in een artikel van 29 september in Natuur Klimaatverandering, eraan toevoegend „inzicht in de reacties en het aanpassingsvermogen van roeipootkreeftjes aan“ [acidification] is niet alleen belangrijk voor het beoordelen van de impact op biodiversiteit, biogeochemische cycli en trofodynamica in het mariene milieu, maar biedt ook kritische inzichten in mariene ecologie.”

Kommentar verfassen

Deine E-Mail-Adresse wird nicht veröffentlicht. Erforderliche Felder sind mit * markiert