Kijkend naar de rol die epigenetica speelt in de manier waarop kanker zich gedraagt

Kijkend naar de rol die epigenetica speelt in de manier waarop kanker zich gedraagt

Genetische controle van expressie met eQTL. a, Het aantal genen met significante modellen voor elk gegevenstype. b, Verdeling van regressiecoëfficiënten (effectgroottes) voor elk gegevenstype. c, d, vulkaanplots die geselecteerde genen benadrukken die significant zijn voor SCNA (c) en Mut eQTL’s (d) (lineaire regressie tweezijdige t-tests; Pbijvoeglijk naamwoord, FDR-aangepaste P-waarden). e, In vergelijking met niet-synonieme mutaties (NS), hadden enhancer- (Enh) -mutaties de neiging om grote effectgroottes en een groter aandeel positieve effectgroottes te hebben. f, Het aandeel subklonale mutaties geassocieerd met detecteerbare veranderingen in cis-genexpressie was significant lager dan voor klonale eQTL-mutaties. g, Visualisatie van Fisher’s exacte tests die aantonen dat combinaties van gen-mutaties eerder eQTL’s waren als ze geassocieerd waren met terugkerende fylogenetische genen (genen waarvan werd vastgesteld dat ze bewijs hebben van fylogenetisch signaal in ten minste drie tumoren) voor subklonale mutaties, en dat dit was niet significant voor klonale mutaties. Phylo en Non-phylo geven aan of een gen bewijs had van een fylogenetisch signaal in de tumor waarin de mutatie aanwezig was. Tweezijdige Fisher’s exact-tests, P-waarden niet gecorrigeerd voor meervoudig testen. Credit: Natuur (2022). DOI: 10.1038/s41586-022-05311-x

Twee teams van onafhankelijk van elkaar werkende onderzoekers hebben studies uitgevoerd om meer te weten te komen over de rol die epigenetica speelt in het gedrag van kankertumoren. De eerste groep, een team van het Institute of Cancer Research in het VK, dat samenwerkte met collega’s van verschillende andere instellingen in het VK, analyseerde duizenden monsters van darmkanker van verschillende patiënten op zoek naar gevallen van epigenetische veranderingen.

Het tweede team, met leden van over de hele wereld, concentreerde zich op meerdere monsters van dezelfde tumor – ze zochten ook naar veranderingen als gevolg van epigenetica. Beide teams hebben artikelen gepubliceerd waarin hun werk wordt beschreven in het tijdschrift Natuur.

Gedurende vele jaren hebben medische wetenschappers geloofd dat de meeste, zo niet alle kankers zich ontwikkelen als gevolg van mutaties in het DNA, wat leidt tot abnormale weefselgroei in de vorm van tumoren. In recentere jaren hebben onderzoekers bewijs gevonden dat niet alle kankers een eenvoudige genetische oorsprong hebben. In plaats daarvan heeft bewijs aangetoond dat sommige een epigenetische factor hebben. Door epigenetica hebben leeftijd of omgeving invloed op de manier waarop de DNA-code in kankercellen tot uiting komt. In deze nieuwe poging probeerden beide teams de rol van epigenetica bij de ontwikkeling en progressie van kankertumoren beter te begrijpen.

In de eerste studie verzamelden en bestudeerden de onderzoekers weefsel van verschillende soorten darmkanker verzameld bij 30 verschillende patiënten. In totaal keken ze naar 1.370 monsters. Elk werd onderworpen aan zowel RNA-seq met volledige transcriptie als sequencing van het hele genoom. Ze konden achterhalen welke tumoren puur op DNA waren gebaseerd en welke niet. Ze ontdekten dat slechts 166 van hen konden worden herleid tot onderliggende genetica.

In de tweede studie gebruikten de onderzoekers ruimtelijk opgeloste, gepaarde sequencing van het hele genoom en transcriptoom op meerdere weefselmonsters die uit dezelfde tumor waren genomen. Ze vonden bewijs dat aantoonde dat de meeste variaties die ze identificeerden niet te wijten waren aan onderliggende genetica.

Beide teams erkennen dat hun werk niet heeft bewezen dat epigenetica direct leidt tot veranderingen in het gedrag van kankers, maar beide hebben bewijs gevonden dat suggereert dat dit het geval is. Ze merken ook allebei op dat er veel meer werk nodig is om de rol die epigenetica speelt bij de ontwikkeling en progressie van kanker beter te begrijpen.


Studie ontwikkelt nieuwe manier om kankercellen te identificeren


Meer informatie:
Jacob Househam et al, Fenotypische plasticiteit en genetische controle bij de evolutie van colorectale kanker, Natuur (2022). DOI: 10.1038/s41586-022-05311-x

Timon Heide et al, De co-evolutie van het genoom en het epigenoom bij colorectale kanker, Natuur (2022). DOI: 10.1038/s41586-022-05202-1

© 2022 Science X Network

Citaat: Kijkend naar de rol die epigenetica speelt in de manier waarop kanker zich gedraagt ​​(2022, 27 oktober) opgehaald op 27 oktober 2022 van https://medicalxpress.com/news/2022-10-role-epigenetics-ways-cancer.html

Op dit document rust copyright. Afgezien van een eerlijke handel ten behoeve van eigen studie of onderzoek, mag niets worden gereproduceerd zonder schriftelijke toestemming. De inhoud wordt uitsluitend ter informatie verstrekt.

Kommentar verfassen

Deine E-Mail-Adresse wird nicht veröffentlicht. Erforderliche Felder sind mit * markiert