Nieuw onderzoek onthult hoe genen aan- en uitzetten

Nieuw onderzoek onthult hoe genen aan- en uitzettenGenen en ontwikkeling (2022). DOI: 10.1101/gad.350026.122″ width=“800″ height=“530″/>

Eiwitarchitecturen van constitutieve en induceerbare (RP, geïnduceerde, evenwichtige en conditiespecifieke) promotors. Samengestelde plots van chromatine-immunoprecipitatie-exonuclease (ChIP-exo) tag 5′-uiteinden (exonuclease-stopplaatsen zoals geïllustreerd) voor 70 representatieve promotor / gen-geassocieerde eiwitten (van de 400) worden weergegeven verspreid rond het aangegeven X-as-referentiepunt (UAS, Sua7, of +1 nuc) binnen elke promotorklasse (rijen met panelen). Elk doeleiwit in een verticale kolom wordt gedefinieerd door één kleur waarvan de legenda onderaan staat. Geselecteerde complexen die worden weergegeven door een eiwit worden in bepaalde panelen aangegeven. Zie de Materialen en Methoden voor details. X-as intervallen zijn zo georiënteerd dat transcriptie naar rechts verloopt. UAS komt overeen met een ssTF-bindingsplaats of de equivalente afstand stroomopwaarts (150 bp) van een transcriptiestartplaats (TSS) wanneer er geen UAS aanwezig was. Sua7 (TFIIB) komt overeen met de Sua7 ChExMix-piek die het dichtst bij een geannoteerde TSS ligt en is in wezen de PIC-locatie. +1 nuc is het stroomafwaartse nucleosoom-middelpunt dat zich het dichtst bij een TSS bevindt. Afstemming op deze referentiekenmerken zorgde voor een hoge positionele resolutie. Gegevens over de tegenovergestelde streng worden omgekeerd. „N“ geeft het aantal leden van de klas aan. De bezettingsschaal van de Y-as is hetzelfde en dus vergelijkbaar voor een bepaald doelwit in de verschillende promotorklassen (analyse-ID: CM701-CM707). Credit: Genen en ontwikkeling (2022). DOI: 10.1101/gad.350026.122

Gist, dat eenvoudige organisme dat essentieel is voor het maken van bier en brood, heeft voor Cornell University-onderzoekers een sleutelmechanisme onthuld in de manier waarop genen worden gecontroleerd.

Van gentranscriptie – het uitgebreide proces dat onze cellen gebruiken om genetische informatie te lezen die in DNA is opgeslagen – werd lang gedacht dat het alleen werd ingeschakeld wanneer bepaalde regulerende factoren naar specifieke DNA-sequenties reisden. In nieuw onderzoek ontdekte een team van Cornell-wetenschappers dat bepaalde genen hun transcriptieregulerende factoren en cofactoren al op hun plaats hebben, maar in een latente staat. Met de juiste signalen worden deze „klaar“ genen zeer actief.

Met behulp van CRISPR-technieken verwijderden de onderzoekers delen van de gisttranscriptiemachinerie om de rol die ze spelen bij het reguleren van genen systematisch te onderzoeken. Gist en mensen hebben meestal dezelfde moleculaire machinerie om hun genen te reguleren, dus gist biedt een uitstekend model voor het begrijpen van genregulatie bij mensen.

„Het is als het spel van Jenga, waarbij je een houten blok uit een toren van blokken haalt en kijkt of het hele ding instort. Zo leren we hoe eiwitmachines in cellen werken“, zegt B. Franklin Pugh, hoogleraar moleculaire biologie en genetica en corresponderende auteur van de studie.

„De waarde van klaar zijn is dat bepaalde genen, zoals omgevingsresponsgenen, snel kunnen reageren op een veranderende omgeving, bijvoorbeeld wanneer gist broodsuikers tegenkomt en metaboliseert, waardoor het brooddeeg rijzen,“ zei Pugh.

„Voortbouwend op jarenlang bestaand onderzoek en het combineren ervan met moderne en elegante genomics-tools heeft ons geholpen bij het opvullen van lacunes in de huidige kennis en bij het doen van nieuwe ontdekkingen“, zegt Chitvan Mittal, eerste auteur en onderzoeksmedewerker bij het Baker Institute for Animal Health aan het College voor Diergeneeskunde.

Het onderzoek is gepubliceerd in Genen en ontwikkeling.


Gistepigenoomkaart onthult details van genregulatie


Meer informatie:
Chitvan Mittal et al, een geïntegreerde SAGA- en TFIID PIC-assemblageroute die selectief is voor evenwichtige en geïnduceerde promotors, Genen en ontwikkeling (2022). DOI: 10.1101/gad.350026.122

Geleverd door Cornell University

Citaat: Nieuw onderzoek onthult hoe genen aan- en uitzetten (2022, 27 oktober) opgehaald op 27 oktober 2022 van https://phys.org/news/2022-10-reveals-genes.html

Op dit document rust copyright. Afgezien van een eerlijke handel ten behoeve van eigen studie of onderzoek, mag niets worden gereproduceerd zonder schriftelijke toestemming. De inhoud wordt uitsluitend ter informatie verstrekt.

Kommentar verfassen

Deine E-Mail-Adresse wird nicht veröffentlicht. Erforderliche Felder sind mit * markiert