PacBio hoopt de concurrentie te bederven door twee nieuwe instrumenten te onthullen op ASHG

Er zijn dit jaar genoeg lanceringen van next-generation sequencing (NGS) geweest – zowel producten als bedrijven – om zelfs de hoofden van genomics-liefhebbers te laten tollen. Pacific Biosciences (PacBio) – bekend om zijn hoge nauwkeurigheid, lang gelezen, dure sequencing – is echter relatief stil gebleven. Tot nu.

Op de American Society of Human Genetics (ASHG)-conferentie die deze week in Los Angeles wordt gehouden, maakte PacBio een aankondiging dat, zoals hun CEO Christian Henry vertelde GEN, is „de grootste sprong voorwaarts in de geschiedenis van het bedrijf.“ En het lanceringsfeest op dinsdagavond droeg bij aan de fanfare, compleet met een optreden van Maroon 5, die werd gekozen boven Katy Perry, John Mayer en Bruno Mars. (Tot Henry’s ontsteltenis viel Coldplay buiten het budget van PacBio.)

Tijdens het evenement kondigde PacBio de lancering aan van niet één, maar twee nieuwe instrumenten. Ten eerste een kortgelezen instrument genaamd „Onso“, dat een nieuwe dimensie toevoegt aan hun huidige langgelezen aanbod. De verwachting voor dit nieuws begon vorig jaar toen PacBio het bedrijf Omniome en hun short-read technologie-sequencing by binding (SBB) overnam. Hoewel langverwachte, was de lancering van Onso geen verrassing.

Het Revio-instrument van PacBio

De grotere verrassing (en misschien wel grotere plons) kwam van de lancering van een nieuw lang gelezen platform, Revio, dat hun huidige werkpaard zal vervangen: de Sequel IIe. De Revio, zegt PacBio, is 15x krachtiger dan het huidige Sequel IIe-systeem. Het maakt gebruik van dezelfde Hi-Fi-chemie die zeer nauwkeurig is en directe methylatiedetectie en detectie van structurele variaties mogelijk maakt. Het nieuwe platform verplaatst PacBio naar genomica op populatieschaal met een genoom van minder dan $ 1.000.

De Revio zal te koop zijn wanneer Maroon 5 van het podium komt en zal in het eerste kwartaal van volgend jaar worden verzonden. De platforms waren niet te zien op het podium omdat, zoals Henry vertelde… GEN (lachend) wilden ze niet dat Maroon 5 ze zou breken.

Het verschil tussen de oude en nieuwe instrumenten ligt in een opnieuw ontworpen SMRT-cel. Revio’s SMRT-cel is drie keer zo dicht als de acht miljoen SMRT-cel in de Sequel IIe, met 25 miljoen zero-mode golfgeleiders, waardoor meer afzonderlijke moleculen tegelijkertijd op de chip kunnen worden bekeken. Maar de Revio maakt het ook mogelijk om vier van die chips onafhankelijk van elkaar te gebruiken, maar tegelijkertijd (wat betekent dat de runs niet echt onafhankelijk van elkaar zijn). In totaal kan het instrument honderd miljoen zero-mode golfgeleiders (of honderd miljoen enkele DNA-moleculen) tegelijkertijd.

De runs van Revio zijn 20% sneller, zegt Henry, dan de Sequel IIe (24 uur versus 30 uur). Het zal, merkt Henry, een hoge doorvoercapaciteit hebben om het voor kleine laboratoria haalbaar te maken 10.000 of 20.000 voorbeeldprojecten uit te voeren. Vandaag de dag is dat niet mogelijk op de Sequel IIe. Op dit moment kan de Sequel IIe 50 tot 60 menselijke genomen per jaar maken; Revio zal dat opschalen naar 1.300 genomen per jaar.

Revio, dat exact dezelfde grootte heeft als de Sequel IIE, kost $ 779.000. En kopers van Sequel IIe die in 2022 kochten, komen in aanmerking voor korting. Verbruiksartikelen kosten $ 995 per genoom. Een ding dat niet is veranderd tussen de Revio en de Sequel IIE is de leeslengte. Het blijft ongeveer 15-20 kb.

Het Onso-instrument van PacBio

Wat de Onso betreft, deze vermeldt $ 259.000 en heeft 500 miljoen reads. De twee primaire kits zijn gekoppeld aan 150 reads en single-ended 200 reads. Maar ze lanceren ook kits om alle bestaande bibliotheken (Illumina-bibliotheken) aan te passen aan de Onso. De bètastudie begint deze week met het Broad Institute, Cornell Weill School of Medicine en Corteva Biosciences. Voor klanten wordt de Onso in de eerste helft van volgend jaar verzonden.

Waarom zou iemand de Onso kopen boven Element’s AVITI, Singular’s G40 of Illumina’s NextSeq? Traditioneel wilden de klanten van PacBio twee dingen: hoge nauwkeurigheid en langere uitlezingen. En ze zijn bereid ervoor te betalen. PacBio is nooit voor mensen geweest die met een beperkt budget moeten sequencen. Maar de Onso kan daar verandering in brengen. Met $ 259K heeft het platform een ​​zeer concurrerende prijs met dezelfde nauwkeurigheid. Nauwkeuriger sequencing betekent minder sequencing, wat kosteneffectief is.

Henry zegt, met PacBio, “je kunt van telomeer naar telomeer kijken en dingen zien die Illumina niet kan zien. Het is hetzelfde met de AVITI of Singular. Niemand zal van telomeer tot telomeer kunnen zien van de kortgelezen spelers. Ze kunnen het gewoon niet. De wiskunde laat ze het niet doen. De fundamentele sequencing laat ze het niet doen.”

Het bedrijf kondigde ook een overstap naar GPU’s aan, met zes Nvidia GPU’s op het systeem. Henry zegt dat de Revio hierdoor alle gegevens in realtime kan verwerken en geen offline verwerking hoeft te doen. Daarnaast kondigde het bedrijf een samenwerking aan met Google Health om gebruik te maken van hun diepe consensusalgoritmen die in het systeem zijn geïntegreerd. Henry zegt dat ze het „eerste product ooit zijn dat Google Health rechtstreeks in de sequencer integreert“.

En het bedrijf volgt de duurzaamheidstrend die Illumina eerder deze maand heeft ingezet, door hun verbruiksartikelen te halveren. In een andere milieuvriendelijke stap hebben ze de stikstofvereisten voor hun sequencing geëlimineerd. (De Sequel IIe voert constant stikstof uit om het DNA te beschermen.) Maar het nieuwe stroomcelontwerp in de SMRT-cel elimineert de noodzaak ervan.

ASHG is historisch gezien geen bijeenkomst waar NGS-bedrijven nieuwe technologieën lanceren. Dat is meestal gereserveerd voor JP Morgan, oftewel de Advances in Genome Biology and Technology (AGBT) meeting. Maar het was duidelijk uit het bijwonen van de PacBio-sessies tijdens AGBT afgelopen juni dat de producten nog niet klaar waren voor lancering. Een andere optie zou zijn geweest om hun eigen bijeenkomst te organiseren, zoals Illumina eerder deze maand deed op het Illumina Genomics Forum. Maar Henry zegt dat ze die weg niet wilden inslaan (hij heeft duidelijk uitgesproken meningen, maar laat ze terzijde.) En ASHG was logischer voor hen dan JP Morgan, omdat menselijke genetica de toekomst van het bedrijf is. Alle actie, zegt Henry, is in menselijke klinische toepassingen en het stimuleren van innovatie in menselijke genetica.

Henry (een Illumina-veteraan) zegt dat zowel de Revio als Onso „de beste van het ras“ zijn in wat ze doen. En met PacBio’s infrastructuur, toeleveringsketen en service en ondersteuning, denkt hij dat ze „een goede kans hebben op een zeer aanzienlijke groei in de komende jaren.“ Maar gezien de stortvloed aan opties die klanten het afgelopen jaar hebben gekregen, zal de tijd leren hoe goed hun kans is.

Kommentar verfassen

Deine E-Mail-Adresse wird nicht veröffentlicht. Erforderliche Felder sind mit * markiert